El Colegio Médico de Chile es dirigido por el Honorable Consejo General que está integrado por los distintos Consejos Regionales del país, desde Arica a Punta Arenas, y que se reúnen una vez al mes en la sede de Esmeralda 678. Además, la conducción del Gremio esta a cargo de la Mesa Directiva Nacional que está compuesta por un Presidente, 4 Vicepresidentes, un Secretario General, un Prosecretario General y un Tesorero General. Sus miembros serán elegidos en votación directa de carácter nacional por los médicos inscritos de todo el país, en elección que se efectuará simultáneamente con la de Consejeros Regionales. Sin embargo, los cargos de 2º, 3º y 4º Vicepresidente serán desempeñados por los Presidentes de los Consejos Regionales de Santiago, Valparaíso y Concepción. Los miembros elegidos de la Mesa durarán tres años en sus cargos y podrán ser reelegidos solamente por un nuevo período para el cargo desempeñado.
Asimismo, existen tres estamentos como el Fondo de Solidaridad Gremial (FSG), la Fundación de Asistencia Legal (Falmed) y la Fundación de Asistencia Tributaria (Fatmed). También hay ocho departamentos técnicos que asesoran a la Mesa Directiva Nacional y 4 agrupaciones compuestas por Médicos Mayores, Atención Primaria de Salud, Médicos Generales de Zona y Residentes Chile. Además, cuenta con una red de clubes de Campo y alojamientos en sus distintos Consejos Regionales.
El funcionamiento se orienta en tres ejes de trabajo: funcionamiento interno, rol profesional del médico con centro en la ética y una perspectiva nacional del fortalecimiento de la salud en Chile.
Los distintos equipos del Colegio Médico, trabajan en forma sinérgica para ejercer nuestro rol, en los ejes planteados.
